JMRAでは身体適性相談コーナーを設置し、身体検査に関する相談を受け付けています。身体検査にご不安の方は、事前にお近くのJMRAの各地方窓口にお問い合わせください。（身体検査員が不在の場合はご相談に応じられませんので、事務所に来られる方はあらかじめご連絡ください。）
身体適性相談コーナーにおける検査の際には、本人確認のため、次のいずれかの書類をお持ちください。
試験の当日に色覚検査（灯色識別検査又は塗色識別検査）を行います。（医師による身体検査証明書を提出された方で、色覚の欄が「その他」又は空欄の方も、試験当日に検査を受けることができます。）
いずれの検査にも合格されない場合は身体検査基準を満たさないこととなり、学科試験及び実技試験に進むことができません。
色覚に不安をお持ちの方は、試験の前にあらかじめJMRAの身体適性相談コーナーにおいて色覚検査を受検することができます。
※既に小型船舶操縦士の資格をお持ちの方、又はJMRAの身体適性相談コーナーで検査に合格した旨の証明書を提出された方は、試験当日の色覚検査は省略されます。
色覚検査の合格基準は、次のとおりです。
「夜間において船舶の灯火の色を識別できること。ただし、灯火の色が識別できない場合は、日出から日没までの間において航路標識の彩色を識別できれば、「航行する時間帯が限定された免許」を取得できる。」
上記の「航行する時間帯が限定された免許」（以下、航行時間限定免許）を取得した方は、航行時間が日出から日没までの間に制限されます。
両目で覗く視力検査器に似た器具を使用して、次の方法で検査を行います。
注：この画面表示と実際の光の色・大きさは若干異なります。また、この画面上での識別は実際の検査の合格を保証するものではありません。
マウスを「白」「赤」「緑」の文字の上に乗せると、その色が表示されます。
白 赤 緑
※ 試験当日に塗色識別検査からの受検を希望される方（航行時間限定免許希望者）は、灯色識別検査は行いません。
航路標識と同じ塗料を使用した塗色識別検査カードを用いて、次の方法で検査を行います。
注：この画面表示と実際のカードの色は若干異なります。また、この画面上での識別は実際の検査の合格を保証するものではありません。
試験の当日に聴力検査（会話又は話声語による検査）を行います。
いずれの検査にも合格されない場合、当日は学科試験及び実技試験に進むことができません。
聴力に不安をお持ちの方は、試験の前にあらかじめJMRAの身体適性相談コーナーにおいて 汽笛音による検査を受検してください。
聴力検査の合格基準は、次のとおりです。
「船内の騒音を模した騒音の下で300メートルの距離にある汽笛の音に相当する音 を弁別できること（補聴器により補われた聴力による場合を含む。）。
※汽笛の音に相当する音とは、海上衝突予防法施行規則第18条に規定する汽笛の音であって、音圧については１２０デシベルとする。」
身体検査実施中の会話の反応等で確認します。
通常の会話の聞き取りが困難な場合に実施します。
5メートル離れたところから発する話声語（普通の声）が両耳で聴き取れるかどうかを検査します。
なお、補聴器を使用することもできます。
話声語の聞き取りが困難な場合に実施します。
この検査は、試験日の当日に試験会場等で行うことはできません。検査が必要と思われる方は、あらかじめ最寄りのJMRAの身体検査相談コーナーにご相談ください。
小型船舶操縦士用聴力検査装置を使用し、汽笛の音が両耳で聴き取れるかどうかを検査します。
なお、補聴器を使用することもできます。
※汽笛音による検査に合格すると、検査に合格した旨の記載のある告知書を交付します。試験申請時にこの告知書を提出された方は、試験当日の聴力検査は行いません。
注：検査員不在の場合は検査ができませんので、汽笛音による検査の受検を希望される方は、あらかじめ最寄のJMRAの地方窓口にご連絡ください
汽笛音検査で合格した方の実技試験については、出題する内容を明記した次のような指示板を使用し、指示項目を指差しながら行います。
試験の当日に身体機能の障害の有無の検査（主として目視による検査）を行います。
この検査に合格されない場合、当日は学科試験及び実技試験に進むことができません。身体機能に不安をお持ちの方は、試験の前にあらかじめJMRAの身体適性相談コーナーにおいて身体機能検査を受検してください。
身体機能検査の合格基準は、次のとおりです。
「身体機能の障害があってもその障害の程度に応じた補助手段を講ずることにより、小型船舶操縦者として乗船する小型船舶の操縦に支障がないことを持って足りる。」
（参考：船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則別表第９）
※上記を満たす場合、身体機能検査は合格となります。ただし、身体機能の障害の程度に応じて、免許に設備限定や 航行目的限定などの限定条件が付されることがあります。
設備限定免許とは､免許の条件として小型船舶の設備その他の事項について限定することをいい、必要な設備や補助手段のない船舶には、小型船舶操縦者（船長）として乗り組むことができません。
航行目的限定免許とは、免許の条件として小型船舶の航行する目的について限定することをいい、旅客を運送する業務を目的とする船舶には、小型船舶操縦者（船長）として乗り組むことができません。
身体検査中の歩行及び着席等の動作を目視により確認します。
試験船の乗り降り等、操船に必要な動作の確認が必要である場合に実施します。
実際の試験船等で検査を行うことがありますので、この検査を受けようとする場合は、あらかじめ最寄りのJMRAの身体適性相談コーナーにご連絡ください。
身体機能検査における検査項目と着目点は次のとおりです。
| 検査項目 | 着目点 |
|---|---|
| a. 係留・解らん | 係船ロープを持った状態で安全に乗下船が行えるか、また、係留・解らん作業が安全に行えるかを確認します。 (※ 乗下船の方法や結び方など、作業の方法は問いません。) |
| b. 揚錨・投錨 | 3.5kgの錨、または同じ重量の代替物にロープを結び、投下・引揚げ作業が安全に行えるかを確認します。 (※ ロープの結び方等、作業の方法は問いません。) |
| c. 乗船・下船 | 桟橋につないだ船への乗り降りが安全に行えるかを確認します。 |
| d. 船内移動 | 操縦席から船首または船尾への移動が安全に行えるかを確認します。 (※ 移動の仕方等、作業の方法は問いません。) |
| e. 体幹の保持および頸椎・体幹の捻転 | 航行中（旋回中を含む）の船の椅子に座り、座位を保って安全に操船できるか、また、前後左右の安全確認が行えるかを確認します。 |
| f. 操船 | ハンドルとリモコンレバーを操作し、操船が安全に行えるかを確認します。 (※ ハンドルによる針路の維持と変更、リモコンレバーによる前進、中立、後進のシフト操作と速力調整など) |
| g. 人命救助 | 海中転落者に対し、救命浮環の投下を行えるかを確認します。 (※ 転落者を船内に引き上げられるかについては問いません。) |
| h. ロープワーク | ロープを結んだり解いたりする作業が行えるかを確認します。 |
| i. エンジンの始動・停止 | キーを差込み、エンジンの始動と停止が行えるかを確認します。 |
| j. ハンドコンパスの操作 | ハンドコンパスのプリズムを調整し、物標の方位測定が行えるかを確認します。 (※ プリズムの調整方法は問いません。) |
| 検査項目 | 着目点 |
|---|---|
| a. 転覆復原 | 転覆した水上オートバイを復原(起こすこと)することができるかを確認します。 |
| b. 水中からの乗艇 | 水中から水上オートバイに乗ることができるかを確認します。 |
| c. 安全確認 | 操縦姿勢を保持したまま、前後左右、周囲の安全確認が行えるかを確認します。 |
| d. エンジンの始動・停止 | 緊急エンジン停止コードをセットし、エンジンの始動と停止が行えるかを確認します。 |
| e. スロットル操作 | スロットルレバーを操作し、円滑なスロットル調整が行えるかを確認します。 |
| f. 体幹保持・ハンドル操作 | 旋回中に艇体が傾いても身体を支えて安全に操縦することができるか、また、円滑なハンドルの操作ができるかを確認します。 |
| g. ロープワーク | ロープを結んだり解いたりする作業が行えるかを確認します。 |
